Die Biologische Stufe der ARA ist von der Vorklärung an zweistrassig ausgelegt. Zwischen dem Sandfang und der Vorklärung wurde 2004 ein neuer Reaktor zur Abwasservorbehandlung (Nestlé) erstellt. Die Vorbehandlung basiert auf dem Prinzip des Biofilmverfahrens. Der Reaktor wird mit Kaldnes-Tägermaterial aus Spezifisch geformten Kunststoffteilchen gefüllt. Auf dem Kunststoff siedeln sich Mikroorganismen an, welche die angebotenen Nährstoffe des Abwassers und den über Einblasrohre eingetragene Sauerstoff der Prozessluft zu ihrer Synthese und Stoffwechseltätigkeit nutzen.

Das Reinigungsprinzip in der biologischen Stufe beruht auf dem Belebtschlammverfahren mit längsdurchströmter Belebtschlammbiologie und nachgeschalteter querdurchströmter Nachklärung. Das aus der mechanischen Stufe zufliessende Abwasser wird in den Biologiebecken mit dem Belebtschlamm vermischt. Dieser baut unter aeroben Bedingungen (Sauerstoff, welche über ein Belüftungssystem eingetragen wird), die organischen Substanzen ab und wandelt Ammonium-Stickstoff über Nitrit- zu Nitrat-Stickstoff um (Nitrifikation). Das Gemisch aus Abwasser -Belebtschlamm gelangt anschliessend in die Nachklärung, wo sich der Belebtschlamm absetzt. Der sedimentierte Belebtschlamm wird als sogenannter Rücklaufschlamm wieder in die Belebungsbecken zurückgeführt. Das abgetrennte gereinigte Abwasser fliesst aus der Nachklärung in den Ablaufkanal und schliesslich in den Vorfluter Chise.

Der bei der Nitrifikation gebildete Nitrat-Stickstoff wird über ein internes Rezirkulationssystem zusammen mit dem Rücklaufschlamm in den Zulaufbereich der Biologistufe (Polyvalentbecken) zurückgefördert, Bei dem polyvalent umgerüsteten  Bereich (Ehemaligen Vorklärbecken) wird der Nitrat-Stickstoff in Abwesenheit von Sauerstoff (nicht Belüfteter Bereich) zu elementarem Stickstoff umgewandelt (Denitrifikation). Die Denitrifikation findet auch in den polyvalent ausgerüsteten nachfolgenden Zonen der umgebauten Biologie statt. Bei höheren Schmutzfrachten können die Polyvalentbecken belüftet werden und dienen somit zum Abbau von organischen Substanzen und zur Nitrifikation. Die Biologiebecken sind mit einer feinblasigen Belüftung ausgerüstet. Zur Erzeugung der Prozessluft ist ein neues Maschinengebäude mit Gebläsestation über den beiden Polyvalentbeckenrealisiert worden.

Chemische Reinigung

Durch Zugabe von Metallsalzlösungen in den Zulauf zur Belebung und/oder in den Rücklaufschlamm (Simultanfällung) erfolgt die Ausfällung der Phosphatverbindungen, welche zusammen mit dem biologischen Prozessen anfallenden Überschussschlamm in die Schlammbehandlung gelangen.